卤菜较初的形成经历了从秦惠王统治巴蜀（公元前221年）到明代的历史阶段，大约经历了千余年的时间。秦代蜀郡太守李冰率万余民工修建都江堰水利工程后，又派人“穿广都盐井”生产出四川较早的井盐，西晋人常璩所著的《华阳国志》在追述当时饮食习俗就有“尚滋味，好辛香”及“鱼盐、茶蜜、丹椒”的记载。从中可以看到，当时人们已经学会使用岩盐和花椒制造卤水。
到西汉时，由于井盐的大量开采和使用，川人“尚滋味，好辛香”的饮食习惯已经初步形成。西汉人左思在《蜀都赋》中就有“调夫五味”，甘甜之和，......，五肉七菜，朦厌腥臊，可以练神养血者，莫不毕际”的记载，调夫五味讲的就是卤的调味方式。“蜀都”即是其中写道的“金城石郭，兼帀中区。既丽且崇，实号成都”。当时的生产已经极大的丰富，经济也飞速发展，这也是“成都”名号的来源“蚕丛嫘祖，缫丝织锦；鱼凫杜宇，渔猎布谷。一年成聚，两年成邑，三年成都”。
经过三国及魏晋南北朝时期的铺垫，川卤在唐朝时已经迈了一大步。唐朝的迁客骚人们为了找到诗的灵感，都喜欢在写诗时饮酒。宫廷的饮酒作乐都无不与酒有缘。而饮酒又少不了上乘佳肴。这样就促进了川式卤菜的进一步发展。
到了明代，人们的饮食习俗注重养身食疗。特别是明代的《饮膳正要》和《本草纲目》的问世，促进了朝野人士更加重视食疗。由于记载的药料中有些即能防病、治病、又能产生香味，达到调味的目的，所以大部分都被作为卤菜调料。